Il nome della chiesa deriva dal Vallum, la zona fortificata separata dalla città in cui vivevano i dominatori longobardi, fu infatti per molti anni luogo di culto ariano costruito probabilmente in un'area cimiteriale romana fin dal IV-V secolo.
Anch'essa danneggiata dal terremoto che colpì Verona nel 1117, fu ricostruita subito dopo in puro e semplice stile romanico con la facciata a capanna, l'elegante protiro e gli archetti pensili.
L'interno conserva ancora la struttura tripartita di molte chiese romaniche: chiesa Purgante, Militante e Trionfante simbolicamente rappresentate nella parte plebana, "bassa" della chiesa, dove si "scende" appena varcata la soglia, la cripta che ospita i resti dei santi su cui si fonda la chiesa, e l'area presbiteriale a cui il fedele accede seguendo un percorso di purificazione e ascesa spirituale oltre che fisica.
La chiesa di San Giovanni in Valle conserva al suo interno pregevoli tracce di affreschi e decorazioni scultoree romaniche.
Particolarissimi anche il campanile e i resti di un chiostro adiacente alla chiesa.
Ricordiamo che in virtù di una convenzione con l'associazione Chiese Vive, per i visitatori accompagnati da guide turistiche autorizzate della Provincia di Verona, l'ingresso alle chiese di Verona, là dove viene richiesto il pagamento di un biglietto, è di 1 euro invece che 3.
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