Sul luogo dove probabilmente in epoca romana sorgeva un tempio dedicato a Iside, già dal V secolo venne edificata una chisa dedicata al protomartire Stefano. Secondo alcune teorie storico-archeologiche, per altro oggi messe in discussione da nuovi scavi e ritrovamenti nell'area del Duomo, Santo Stefano sarebbe stata la Cattedrale di Verona fino a circa l'VIII secolo.
Anch'essa danneggiata dal terribile terremoto del 1117, fu restaurata, principalmente nella facciata e nella zona absidale, nella seconda metà del XII secolo in puro stile romanico, con struttura a capanna monocuspide a filari di mattoni e tufo, caratteristica questa tipica del romanico veronese. Fu anche costruito il pioccolo protiro pensile. In seguito fu innalzato il grande tiburio a forma ottagonale, sostenuto all'interno della chiesa da quattro pilastri che affondano nel pavimento della cripta, unico nel suo genere nell'architettura del veronese, e che mostra una chiara influenza del tardo romanico lombardo. Su ogni faccia del tiburio che funge da lucernone, si aprono due bifore divise da piccoli oculi.
Ricordiamo che in virtù di una convenzione con l'associazione Chiese Vive, per i visitatori accompagnati da guide turistiche autorizzate della Provincia di Verona, l'ingresso alle chiese di Verona, là dove viene richiesto il pagamento di un biglietto, è di 1 euro invece che 3.
Sono inoltre possibili visite guidate a singole chiese.
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