Dedicata a San Tommaso Becket, l'arcivesco di Canterbury. E' una semplice chiesa di impostazione gotica che sorgeva sull'isola fluviale dell'Adige, zona cimitariale in epoca romana e luogo legato indissolubilmente alla storia di Verona. Il cosiddetto Isolo era sede di molte attività artigianali che sfruttavano l'acqua dei vari canali laterali del fiume. Con la costruzione degli argini a fine '800 la biforcazione dell'Adige fu interrata.
La San Tommaso ha un'unica navata, la zona presbiteriale è dominata dagli imponenti archi disegnati dal Sanmicheli che, originario dell'Isolo, venne sepolto proprio all'interno della chiesa.
Famoso è anche il magnifico organo barocco al quale suonò un giovanissimo Mozart, ragazzo prodigio, durante il suo soggiorno veronese. Il giovane e "monello" Mozart, incise le sue iniziali "WSM" (Wolfgang Salisburgensis Mozart) ancora visibili sul legno dorato dell'organo.
La chiesa di San Tommaso non è inserita nel circuito Chiese Vive. L'accesso è quindi gratuito. Pur essendo normalmente aperta ai visitatori sia al mattino che al pomeriggio, l'accesso non è garantito dalla presenza di personale di biglietteria e può essere soggetta a necessità improvvise del parroco. Un'eventuale visita guidata per un gruppo organizzato andrà quindi pianificata con un certo anticipo.
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